長江口漁業生態和保護生物學功能實驗室立足于長江口這一國際熱點研究區域，針對目前面臨的水域生態惡化、環境污染加劇、水生生物資源過度開發利用、生物多樣性降低和漁業資源衰退等生態問題，開展水域生態環境監測、保護與修復的研究工作，恢復與重建長江口漁業生態功能及珍稀、瀕危和經濟物種的種群，實現長江口生態系統的穩定和漁業資源的可持續利用。
主要研究方向：
1.河口水域生態學研究。
2.珍稀瀕危物種的保護生物學研究。
3.經濟魚類品種開發與利用研究。
發展目標：建立完善的水域生態環境監測系統，系統開展水域理化因子、生物資源、污染物等的檢測、分析和評價，掌握長江口水域的生態環境和漁業生物資源變動規律。以中華鱘為指示生物和研究重點，對河口珍稀瀕危水生生物資源狀況和遺傳背景、時空分布和種群特征、食性與餌料基礎、洄游機制及生理調節機理、資源增殖與評估技術、種質保存等進行系統研究，建立資源評估、增殖放流、種質資源保存和救護等核心技術。開展長江口重要經濟魚類如河鲀、花鱸、鯔鮻魚等的人工馴養與繁育研究，建立關鍵技術體系，實現對資源的合理開發與利用，并開展天然資源的放流增殖和恢復重建的研究。
