針對由于人為過度利用和氣候變化導(dǎo)致的近海漁業(yè)資源衰退現(xiàn)狀，開展東海漁業(yè)資源的動態(tài)監(jiān)測調(diào)查與現(xiàn)狀評價、漁業(yè)生物實驗生態(tài)、種質(zhì)資源、人工魚礁規(guī)劃設(shè)計與效果評價、增殖放流效果評價、漁撈日志的自動采集與漁船的可視化監(jiān)控、東海生態(tài)漁業(yè)管理措施與策略的決策咨詢等公益性工作，為近海漁業(yè)資源的可持續(xù)利用和養(yǎng)護(hù)提出理論依據(jù)和技術(shù)支撐。同時結(jié)合科學(xué)發(fā)展目標(biāo)，瞄準(zhǔn)國家需求，解決國家在海洋生物資源利用和保護(hù)方面問題。
主要方向是：
（1） 研究魚類分類學(xué)與生物地理學(xué)、漁業(yè)生物學(xué)、種群動力學(xué)及其補(bǔ)充機(jī)制、
（2） 河口和海洋生態(tài)系統(tǒng)動力學(xué)
（3） 漁業(yè)資源的可持續(xù)利用、漁業(yè)資源增殖放流
（4） 生態(tài)安全漁具漁法功能實驗室
發(fā)展目標(biāo)：堅持基礎(chǔ)性、前瞻性和戰(zhàn)略性的原則，全面增強(qiáng)實驗室的科技創(chuàng)新能力，按照院功能實驗室建設(shè)的理念，實行開放、流動、聯(lián)合、競爭的運(yùn)行機(jī)制，建設(shè)成為高效運(yùn)行、開放的、具有一流水平的和持續(xù)發(fā)展的海區(qū)級漁業(yè)資源養(yǎng)護(hù)研究中心。通過集聚其他海區(qū)所以及東海區(qū)各省級水產(chǎn)研究所的科技力量和科研人才，構(gòu)建東海區(qū)漁業(yè)資源研究創(chuàng)新平臺。
