以原農業部東海暨長江口漁業資源環境重點野外科學觀測試驗站為基礎，以東海與長江口地區唯一的國家級漁業科研單位中國水產科學研究院東海水產研究所為依托，所監測的水域處于我國沿海地帶中段的黃金海岸帶和素有“黃金水道”之稱的長江的入海口，江、海T字型的交匯處，具有典型的區域代表性與技術優勢。在該水域開展水文、水質、生物、漁業資源、珍稀水生生物、工程建設對生態環境影響等方面的長期定時動態監測和研究，將為水產品安全有效供給、區域產業發展、生物資源保護、國家政策制定、海洋權益維護提供基礎資料和科學數據，為漁業資源與生態環境學科、特別是河口生態學科方面提供重要支撐，對實現海洋漁業的可持續發展、引領我國未來現代漁業發展方向具有重要的理論與示范帶動意義。
研究方向：
1、東海與長江口水域漁業生態環境監測與評估
（1）漁業生態環境的調查監測與評估
（2）氣候變化和人類活動等對漁業生態環境的影響監測與評估
（3）受損漁業生境的生態修復與生境恢復過程的監測與評估
2、東海與長江口漁業資源動態監測與評估
（1）漁業資源的調查監測及其評估
（2）漁業捕撈作業的監測與評估
（3）漁業資源的預測預報與科學管理與監控
3、東海與長江口珍稀瀕危經濟水生生物資源的監測、收集與保護
（1）重要經濟水產種質資源的監測評估；
（2）重要經濟水產種質資源的收集、整理與保存；
（3）珍稀瀕危水生動物的調查監測與救護
發展目標：
實驗站聚焦東海與長江口水域，以基礎數據獲取、整理和分析評估為主要內容，開展漁業資源和生態環境的科學觀測，通過若干年建設，把科學觀測實驗站建成特色明顯、功能齊全、裝備良好的的野外工作平臺，成為項目研究、人才培養的重要基地，培養和造就我國漁業生態環境和資源學科高水平、高層次的專業技術人才，服務于國家水產事業發展對漁業資源環境學科的科技需求，為我國海洋漁業可持續發展作出貢獻。
