本項目隸屬水產資源領域。長江是漁業資源的寶庫，長江口是漁產潛力和生物多樣性最高的區域，在我國漁業和生態安全中有重要的戰略地位。保護和利用好長江口漁業資源，關系到漁業可持續發展和長江流域及近海生態健康，涉及到資源管理增殖、珍稀物種保護、生態環境修復和種質開發利用等諸多科學技術問題。項目組自1996年起在科技部、農業部等科研課題支持下，針對以下三方面開展了系統深入研究，取得了多項創新性成果和成套技術的突破。1.闡明了重要物種資源變化規律，提出了科學管理和保護措施。①率先構建了長江口及臨近水域重要漁業資源監測技術平臺，掌握了資源變動特征，提出了可持續利用技術措施，為農業部實施"長江河口區春季禁漁行動"提供了支撐。②國際上首次在河口運用"基于衛星通訊的跟蹤標志"等新技術，掌握了國家一級保護動物中華鱘在長江口的分布和洄游習性，為"長江口中華鱘自然保護區"建立和運行、我國第一塊水生動物保護國際重要濕地劃定奠定了基礎。③查明了長江口鰻鱺苗汛時空變動節律，研究制定了最大持續捕撈量，推動上海市"鰻苗專項特許捕撈證制度"實施，實現鰻苗可持續利用。④查明了名貴魚類刀鱭個體和種群小型化、資源快速衰退的成因，為江蘇省和上海市實施"刀鱭專項特許捕撈證制度"提供了技術支撐，有效地保護了刀鱭資源。2.實施了特殊生境生態修復及關鍵物種搶救放流，發揮出顯著科學示范作用。①研發了水下爆破、懸沙等對生物影響的實驗評價技術，準確評估了洋山港工程對漁業資源的影響，成功進行生態修復，成效顯著。②自主開發溢油事故漁業損失評估軟件，建立了長江口污染事故損失計算模型和指標，在我國首次獲外方國家賠償中發揮重要作用。③創建了珍稀水生動物搶救技術平臺，實現國內最大規模搶救受傷中華鱘。④發明了"鹽度迷宮"等實驗行為生態學研究方法，查明了中華鱘對長江口棲息環境的生態響應，提出了保護對策。⑤發明了中華絨螯蟹親蟹增殖放流效果標志評價方法，首次評估了增殖放流對天然群體貢獻率，為我國增殖放流效果評價起到了科學示范作用。3.發掘了特有優良名貴水產種質資源，形成了產業。①突破了河鲀親本低鹽度培育技術，形成了苗種規模化生產體系，成為全國最大河鲀苗種基地。②攻克了刀鱭"親本納苗蓄養"等技術難關，實現全人工繁殖，為刀鱭的商業養殖和增殖放流奠定了基礎。③制定了鋸緣青蟹的親蟹和苗種國家行業標準，苗種和技術輻射南方各省，形成了新的海水蟹養殖產業。④發明了"青蛤苗種分級培育方法"等專利技術，使青蛤成為長江口區域特色支柱水產養殖產業。發表論文234篇（31篇SCI、EI），專著6部。申請發明專利48項（授權17項），實用新型57項（授權52項），軟件著作權5項。制定標準10項。培養博士6名、碩士38名。成果廣泛應用于漁業和環保管理部門及生產企業，據統計，近3年的直接和間接經濟效益超過40億元。